La gestión técnica del Programa CYTED se organiza por medio de comités especializados en las áreas temáticas definidas como prioritarias por la Asamblea General. Cada Comité de Área está integrado por cuatro vocales y un Gestor de Área. Los vocales son designados por el Secretario General en consulta con los ONCYT, procurando mantener un balance entre diferentes perfiles profesionales y países.
Los Comités de Área tienen como funciones establecer los lineamientos científico-tecnológicos de las convocatorias, colaborar en la evaluación de las propuestas, el seguimiento de las acciones vigentes, así como la promoción del Programa CYTED y sus actividades.
Existen 8 áreas temáticas en que se enmarcan las actividades del Programa CYTED. Se trata de áreas prioritarias para la región iberoamericana, establecidas por la Asamblea General, en las que se concentra el esfuerzo científico-tecnológico y de innovación. Cada una de ellas cuenta con un gestor especializado que lidera un comité a cargo de analizar las necesidades regionales en el área y en base a ello diseñar una propuesta de actuación.