La Secretaría General está a cargo de la gestión del Programa CYTED bajo la dirección de la Asamblea General. La Secretaría General incluye a los órganos de gestión técnica de CYTED que son los Comités de Área, liderados cada uno por un gestor experto en cada área de interés del Programa.
Los Gestores de Área son designados por la Asamblea General por un período de dos años y pueden ser electos por un período más. También la integran el Coordinador Científico y el personal técnico que presta apoyo en la secretaría en la sede situada en Madrid (España).
