O programa CYTED está organizado de acordo com um modelo descentralizado, cujo quadro institucional é constituído pelos ONCYT, os organismos responsáveis ​​pela política científica e tecnológica dos 21 países participantes. Cada ONCYT é responsável pela gestão do Programa no seu país e participa com um representante nos órgãos de administração do CYTED.
 
A Assembleia Geral é o órgão de decisão política de mais alto nível do Programa CYTED. É composto pelas mais altas autoridades dos ONCYT.
 
O Conselho de Administração é o órgão técnico do Programa CYTED e tem por objetivo o estudo, a análise e a aprovação das atividades a serem desenvolvidas e dos seus respetivos orçamentos. É formado pelos representantes dos ONCYT, pelo Secretário Geral e pelos Coordenadores de Área.

 

A Secretaria Geral é o órgão de gestão do Programa CYTED, tendo um carácter internacional. É dirigida pelo Secretário-Geral, que é nomeado a cada três anos pela Assembleia Geral e é responsável pela execução das diretrizes de gestão estabelecidas. A Secretaria Geral inclui os órgãos de gestão técnica do CYTED, que são os Comités de Área, cada um liderado por um coordenador especializado em cada área de interesse do Programa. O Coordenador de Área é nomeado pela Assembleia Geral por um período de dois anos, podendo ser reeleito uma vez. É igualmente constituída pelo Coordenador Científico e pela equipa técnica que presta apoio ao secretariado na sede localizada em Madrid (Espanha).