El Programa CYTED se organiza según un modelo descentralizado, cuyo marco institucional lo componen los ONCYT, organismos responsables de la política científica y tecnológica de los 21 países participantes. Cada ONCYT es responsable de la gestión del Programa en su país y participa con un representante en los órganos de dirección de CYTED.

La Asamblea General es el órgano político de decisión de más alto nivel del Programa CYTED. Está integrada por las máximas autoridades de los ONCYT.

El Consejo Directivo es el órgano técnico del Programa CYTED y tiene por objetivo el estudio, análisis y aprobación de las actividades a desarrollar y sus correspondientes presupuestos. Está formado por los representantes de los ONCYT, el Secretario General y los Gestores de Área.

La Secretaría General es el órgano de gestión del Programa CYTED, que tiene carácter internacional. Lo dirige el Secretario General, designado cada 3 años por la Asamblea General, quien está a cargo de ejecutar los lineamientos de gestión establecidos. La Secretaría General incluye a los órganos de gestión técnica de CYTED que son los Comités de Área, liderados cada uno por un gestor experto en cada área de interés del Programa. Los Gestores de Área son designados por la Asamblea General por un período de dos años y pueden ser electos por un período más. También la integran el Coordinador Científico y el personal técnico que presta apoyo en la secretaría en la sede situada en Madrid (España).